Eine Lösung die einfacher als die (von mir) damals vorgeschlagenen Lösungen mit Web Services und JNA ist: Memory Mapped Files.
Um das nicht ganz unkommentiert stehen zu lassen:
MMF (bzw. allgemein geteilter Speicher) sind zur Kommunikation selten eine
einfache Lösung. Man muss dabei alles beachten, was es in der nebenläufigen Programmierung so zu beachten gibt. Und dir stehen zwischen Java und nativen Windowsprogrammen noch nicht einmal Semaphoren/Mutexe zur Verfügung.
In diesem Fall (ein Leser, ein Schreiber auf 2 voneinander unabhängigen booleschen Variablen) sollte es noch gut gehen.