Meine erste Wahl an deiner Stelle wäre die Benutzung von Datenbank eigenen Tools (dump/bulk insert), die ich für
mySQL leider nicht kenne,
Dann würde ich mit Hilfe einer Abfrage Insert Statements generieren
und dann mit einem Programm einen Datensatz lesen und diesen dann abspeichern.
Eine Zwischenspeicherung ist eigentlich nicht notwendig.
Falls Du unbedingt über eine Zwischendatei gehen willst, ist
XML empfehlenswert, da du dort auch die Struktur der Datenbank abbilden kannst.
Gruß
K-H