Du könntest auch mit etwas Gefrickel die Stelle im Programm finden, die den Alarm auslöst, und da dann anpacken. Je größer das Programm, je nerviger ist dieses Vorgehen natürlich.
Ich hatte mal ein Programm, welches VirtualAllocEx und CreateRemoteThread nutzte - da gab es dann von ein paar wenigen Scannern Alarm. Habe die Funktionsadressen mir dann aus einer DLL geholt, die ich dem Programm beigelegt habe, dann waren die Scanner ruhig. Da muss ich jedenfalls nichts an den AV-Hersteller schicken, und den Benutzer interessiert die zusätzliche DLL herzlich wenig.
Vielleicht hilft dir das....