Du kannst ja eine Datei nicht überschreiben, während diese noch läuft. Daher kommst du über eine separate Exe (oder ähnliches) nicht drum herum.
Man kann aber die Datei normalerweise umbenennen während sie läuft. Man kann auch die gleiche Exe mit Parametern erneut starten und hat dann zwar mehrere Instanzen, aber immer noch nur eine Exe.