Hallo,
in solch "undurchsichtigen" Fällen vertraue ich meist dem ProcessExplorer von Microsoft (ehemals SysInternals).
http://technet.microsoft.com/en-us/s.../bb896653.aspx
"Show Lower Pane" (STRG-L), dann zeigt er pro Prozess an welche Files/Registry-Keys usw. an. Allerdings müsstest Du Dein Programm dann an irgendeiner Stelle anhalten können. Früher gab es noch einen extra FileMon.exe, leider finde ich den auf der MS-Seite nicht mehr. Der protokollierte auch, wenn die Exe wieder zuging. Bei Bedarf pm, dann sende ich Dir das Teil zu.