Das liegt wohl eher an der CPU. Ich hatte letztens einen ca. 15min langen Film. Auf meiner CPU (Intel E6600) dauerte das kodieren ca. 45 Minuten. Auf der CPU von meinem Dad (i7) 5 Minuten.
Ich kodier gerne mit dem Adobe Media Encoder. Aber SUPER tut eigentlich genau das, was du machen möchtest und kost nix.