Also ausblenden findest du
hier
Ansonnsten könntest du im Aufrufenden Programm einen Boolean einrichten, welcher True ist während du in der Warteschleife hängst.
Und in der Message WM_Activate wertest du diesen wert aus und sorgst dafür, dass das Programm nur wieder aktiviert wird, wenn es nicht mehr in der Schleife hängt.
PS. Das Problem sollte bei dir nicht nur in der Taskbar auftreten, sondern auch wenn das Fenster auf andereweise aktiviert wird z.b. über "Alt + Tab" oder im Taskmanager.
Edit:
Zusätzlich musst du das selbe wohl auch für "WA_CLICKACTIVE" machen.