Also du lädst über eine
HTML/PHP-Seite hoch?
Die Script-Execution-Time sollte für den Upload keine Bedeutung haben, da das PHP-Script nach erfolgreichem Upload ausgeführt wird.
Abgesendet wird an den Server (z.B. Apache) und erst wenn der Upload fertig ist, wird dieses ans PHP-Modul weitergeleitet.
Eventuell gibt es da aber noch einen anderen Timoutwert, welcher für den Upload verantwortlich ist.
Oder das Entpacken dauert einfach zu lange (war bei mir letzens so).
Wenn es wirklich der Upload ist, dann könnte man z.B. über einen Flash-/Javauploader die Datei stückchenweise übertragen.
Zur Kodierung:
Hast du die Webseite auch mit einer Kodierung (siehe Meta-Tags) versehen?
Diese sollte doch eigentlich für die Übertragung verwendet werden, wobei man (wenn ich mich recht erinnere) eventuell auch beim Upload (im Form-Tag oder beim Input) nochmals die gewünschte Kodierung angeben könnte.