Sobald es über die Grundlagen hinausgeht, lohnt es sich einen Blick auf die etwas "ausgefalleneren" Sachen zu werfen. Also zum Beispiel ORM (Hier sei Doctrine 2 empfohlen) oder Annotationen (auch hier findet sich was bei Doctrine) oder einen IoC-Container (findet sich z.B. bei Symfony).
Oder du nimmst an den nicht enden wollenden Diskussionen zu MVC vs. HMVC teil, die in der PHP-Szene toben
