Ihr könntet einen kleinen Service aufsetzen, welcher dann ja im System-Konto läuft.
Dieser muß nur einmal mit entsprechenden Rechten eingerichtet werden und läuft danach ohne Zutun.
Per Pipe, MMF o.Ä. könnte man dem nun die neuen Daten übergeben und er trägt sie dann dort ein.
Aber im Service nur die entsprechenden Einträge erlauben, da sonst ein Sicherheitsrisiko bestünde.
Ebenso wäre es doch wohl auch nicht so sicher, wenn irgendwo das Adminpasswort "ungeschützt" rumliegen täte, welches dann dein Programm verwenden würde.
CreateProcessAsUser und Co. aber ich würde, wie gesagt, eher davon abraten.