Ich würde erst die Dateinamen prüfen (neu, gelöscht), dann bei den gleichen Dateien die Größe und bei gleicher Größe erst den CRC-Wert bilden und vergleichen.
Ich würde zuerst prüfen, ob die Datei in Verzeichnis B existiert. Wenn ja, würde ich das Datum vergleichen und wenn das Datum identisch ist, die CRC prüfen.