Übergib deinem Programm beim Autostart einfach einen Parameter,
damit das Programm weiß, daß es vermutlich von dort gestartet wurde.
Das ist aber sehr unsicher. Was wenn der Benutzer es nicht weiß, wenn er es in den Autostart einträgt? Oder guckst du bei so was erst mal in die Hilfe oder die Dokumentation des Programms bevor du so was machst? Also ich mache das nicht.