Nicht jedes "Konsolenprogramm" spricht mit dem Std Input/Output.
Es gibt noch jede Menge DOS-Programme, die noch wie das früher üblich war direkt in den Bildschirmspeicher schreiben und Eingaben von der Tastatur erwarten.
Das sieht dann z.B. so aus wie hier:
http://www.chip.de/ii/3/1/3/5/9/7d8eff19464a57c2.gif
Man müsste also direkt den ScreenBuffer des Konsolenfenster auslesen.
Die
API-Funktion
ReadConsoleOutput sieht ganz vielversprechend aus.