Klingt ganz vernünftig.
Wenn dein Programm einfach alle DLLs in einem Verzeichnis versucht zu laden, muss man, um ein Plugin zu deaktivieren, das Plugin aus dem Verzeichnis herauskopieren oder umbenennen. Das ist je nach dem etwas umständlich, aber durchaus kein Blocker.
Bei Plugin-Systemen besteht ganz allgemein die Gefahr, dass die Plugin-Schnittstellen nicht genügend durchdacht werden. Das im Nachhinein zu ändern kann u.U. sehr mühsam sein (neu kompilieren aller Dlls), vorallem dann, wenn Dritthersteller anfangen Plugins beizusteuern.
Aus diesem Grund fände ich es wichtig ein System zu haben, dass dir die Version des Plugins (bzw. der Pluginschnittstelle) mitteilt. Dann kannst du notfalls eine Fehlermeldung ausgeben, falls eine Version von einem Plugin dagerkommt, dass dein Programm nicht unterstützt. Ich benutze in diesem Zusammenhang übrigens die Möglichkeit in der Versions-Information des Programmes (oder in diesem Fall
DLL) einen neuen Schlüssel zu erstellen (z.B. PluginVersion).