Sehe ich das richtig, dass die SQLite-Datenbank bei dir lokal leigt und der Debian-Server im Internet steht? Dann ist wichtig wie schnell dein Internet ist. Hier würde es sich lohnen, die SQLite-Datenbank komplett hochzuladen und auf dem Server selbst in
MySQL zu übertragen. Da gibt es auch mit Sicherheit schon vorgefertigte Tools.
Ansonsten muss es doch auch möglich sein, ähnlich wie bei "mysqldump" den Inhalt der SQLite-Datenbank als
SQL zu exportieren. Dann kannst du ein Kompressionsverfahren (zB. bzip) drüber laufen lassen und es anschließend hochladen.
Liebe Grüße,
Valentin