Ich denke, das Problem wirst Du nicht abstellen können.
Es gab mal eine
Unit FlickerReduce.pas (o.ä.), die das Problem eingeschränkt hat, aber andere Probleme verursachen konnte. Unter D2009 waren die Optionsformulare z.B. teilweise nicht mehr nutzbar.
Dass es in geskinten Forms stärker flackert, ist nachvollziehbar, da dort natürlich aufwendiger gezeichnet wird und das länger dauert.
Welche "alle anderen Anwendungen" meinst Du denn, die das Problem nicht haben? (Delphianwendungen mit Skins?)