Sind das nun schwarze Punkte auf weissem Hintergrund, oder schwarze und weisse Punkte mite "Leerraum" dazwischen? Heisst "Punkt" bei dir Pixel, oder sind das eher kleine Pixelgrüppchen? Was ist der minimale und maximale Abstand in deinem Fall? (Verständnis des letzteren hängt von den anderen Fragen ab vermute ich.)
Eine Skizze, oder besser noch ein Realfall als Bild wären hier verdammt hilfreich. Weil so ohne weiteres an Kenntnis über die Struktur, bleibt erstmal wirklich nur alle paarweisen Abstände einzeln durchzukauen. Man kann zwar, wenn es nur um größer/kleiner geht zunächst die Wurzelei einsparen, aber es bleibt dennoch eine Zahlenschlacht
"When one person suffers from a delusion, it is called insanity. When a million people suffer from a delusion, it is called religion." (Richard Dawkins)