Ähnliche Effekte hatte ich mal, wenn eine Referenz auf eine Datei in einem alten Verzeichnis zeigte (das kam bei D6/BCB6 wegen der absoluten Referenzen vor).
So klingt das auch. Versuche mal Clean und Rebuild. Du kannst auch Process Monitor benutzen, um nachzuvollziehen, auf welche Dateien der Compiler zugreift. Wenn auch Clean/Rebuild das Problem nicht beheben, müssen da irgendwo noch alte Dateien rumliegen.
Funktionieren die Haltepunkte wieder, wenn du sie manuell deaktivierst und wieder aktivierst?
Zur Not könntest du einen "expliziten Haltepunkt" einfügen:
Der wird auf jeden Fall zu einer Unterbrechung führen. Aber eine richtige Lösung ist das natürlich nicht.