Klar kann man. Ich befürchte nur, dass die Clickonce Projekt-Vorlagen nicht in der Visual Studio Shell mit dabei sind (auch nicht in den normalen VS-Express-Editionen), so das hier leider ein bisschen Handarbeit nötig ist (oder ein VS Professional, in das Prism hinein installiert wird).
Dieser Post hier, wie man das dennoch mit der Express hinbekommt, gilt auch für Prism:
http://blogs.msdn.com/b/misampso/arc...26/197577.aspx