Ich starte ein zusätzliches Installationsprogramm immer aus Inno Setup heraus und gebe dem User vorher über eine Messagebox Informationen darüber:
"Es wird jetzt das Installationsprogramm von xxxx gestartet. Nach Fertigstellung wird die Installation des Hauptprogramms fortgesetzt".
Oder so ähnlich halt
Ich mache das meistens so, dass ich das externe Installationsprogramm in {tmp} extrahieren lasse und dann in der Code-Section manuell über Exec() starte:
Exec(ExpandConstant('{tmp}\externes_installationsprogramm.exe'), '', '', SW_SHOW, ewWaitUntilTerminated, FReturnCode) ;