So...
Nach einer wiederaufgenommenen Fehlersuche und einigen ergänzenden Fragen habe ich nun wohl die Lösung gefunden. Was soll ich sagen - es lag natürlich nicht an den Threads. Das funzt alles super.
Ich glaube (sicher bin ich mir nicht), dass es an einem nicht initialisierten Array gelegen hat, welches ich an eine API-Funktion übergeben habe. Warum das dann teilweise funktionierte als ich mit den Messageboxen gearbeitet habe ist mir schleierhaft. Ich gehe nun zumindest davon aus, dass der Fehler behoben ist, denn ich bekomme das Programm einfach nicht zum Absturz.
An dieser Stelle nochmal: Danke für die Hilfe in den diversen Threads!