Was ich aber vorhin noch einmal getestet habe: Die LNK-Datei aus einer Konsole heraus ausgeführt startet das Programm. Der direkte Pfad zur Exe hingegen nicht.
Was steht denn in der lnk-Datei als Ausführungspfad drin?
Vielleicht muss die Datei aus einem bestimmten Verzeichnis heraus ausgeführt werden, damit sie irgendwelche Files laden kann?