Wichtig würde ich es finden, dass das gleiche Vokabular benutzt wird. Also nicht einmal "Optionen" und einmal "Einstellungen" für die globalen Einstellungen. Gleiches gilt im Visuellen Bereich: Gleiche Icons und Bedienelemente (auch optisch gleich) für gleiche Funktionen. Damit hat ein angelernter Programmbediener weniger Schwierigkeiten, sich in allen deinen Programmen zurechtzufinden.
Mit den Farben sollte das weniger zu tun. Allerdings sehe ich außer Angleichung an andere Programme, Coperate Identity oder Sehbehinderungen keinen keinen Grund, mehrere Farbschemen anzubieten. Und die ersten beiden könnten
imho schon etwas kosten.
Das beginnt bei den Menüs und hört bei den grundlegenden Shortcuts noch lange nicht auf.
Gleiche Hints oder Hilfetexte wären zB. auch nicht schlecht.