Ich vermute, dass Du die Formularinstanzen nicht korrekt verwaltest.
Müsste in etwa so sein:
Delphi-Quellcode:
F1 := TMyForm.Create(Self);
F1.Color := clGreen;
F2 := TMyForm.Create(Self);
F2.Color := clRed;
Über F1.MyFrame... und F2.MyFrame... solltest Du dann beide ansprechen können.
Über die Farben kann man mal schnell kontrollieren, worauf man eigentlich gerade zugreift.