Ich erstelle eine Ressource-Datei mit mehreren Icons drin. Wenn ich das Projekt dann kompiliere, bekommt die EXE-Datei ein anderes Icon, eines der Icons, das in der Ressource-Date drin ist. Mein Programmicon, dass ich über Projektoptionen geladen habe wird praktisch übeschrieben. Warum ist das so? Was kann ich dagegen tun?

Hast du das Mainicon nach dem einbinden der neuen Resource noch einmal neu gesetzt?
Wie hast du Ressource-Datei mit mehreren Icons erstellt ?

Gib der Ressourcen datei welche dazu gelinkt wird mal einen anderen Namen ...

Zur Erläuterung:
1. Die Icons in deiner EXE-Datei sind alphabetisch sortiert.
2. Der Explorer nimmt das erste Icon in der Liste als Anwendungs-Icon.
3. Delphi nennt das Anwendungs-Icon immer MAINICON (übrigens eine völlig unsinnige Wahl, ich hoffe bei jeder Delphi-Version, dass das mal geändert wird).

Wenn deine RES-Datei z.B. ein Icon mit der Nummer "1" oder mit dem Namen "ANFANG" einbindet, dann wird logischerweise dies das Anwendungs-Icon, das der Explorer anzeigt, da es alphabetisch vor "MAINICON" liegt.