Java würde ich eher als Skriptsprache für den Internetbrowser sehen. Völlig ungeeignet für performante Desktop-Programme. Wenn du professionelle (wissenschaftliche) Programme erstellen musst, kommst du um native Programmierung nicht herum.
Falsch Falsch Falsch.
Java ist kein Script-Sprache! Java ist neben C#/.NET die Programmiersprache/Runtime im Professionellen Serverumfeld.
Performante Desktop-Programme sind absolut kein Problem (Sind aktuell dabei ein Delphi-Programm nach Java zu portieren). Grundsätzlich kein Performancenachteile und in Teilbereichen schneller als Delphi. Und das Programm läuft auf Windows/MacOS und als Serverprogramm auf praktisch jeden relevanten Betriebssystem auf dem Tomcat läuft.