Da ownCloud ist doch nicht das richtige.
Das ist ein "reiner Cloud" dienst.
Was versteht Du unter "Reiner Cloud-Dienst"?
Ich habe ownCloud auf meinem Server zuhause installiert, Zugriff nur innerhalb, von außen nur per VPN.
Evtl. sind Deine Anforderungen auch etwas schwammig, Ordner und Dokumente ablegen kann man auch direkt mit PHP ohne Umwege, Rechteverwaltung übernimmt Linux (was zugegeben nur mit PHP-CLI richtig Sinn macht).
Daher mal die Rückfrage: wie soll der Zugriff auf diese Dateiablage stattfinden? Vom User? Oder per Software (da wäre bei ownCloud dann deren
API gefragt, die natürlich aufwändiger zu implementieren wäre als vermutlich z.B. WebDAV)?
Von
FTP abraten kann ich auch nur, wenn ein rein dateibasiertes Protokoll dann z.B.
SCP.