Hast Du's mal mit entpacken und vergleichen ausprobiert? Bzw. sogar ohne Entpacken einfach nur mit entsprechenden Tools die Dateien drin vergleichen. Jetzt frag mich nur nicht mehr, wie diese eierlegende Wollmilchsau hieß, die neben zig regulären Archivformaten auch diverse Installer entpacken konnte...
PS: ein
MSI ist im simpelsten Fall nur ein Wrapper um die EXE, um halt MS-Anforderungen (Logo-Programme) erfüllen zu können, daher wäre ich jetzt spontan davon ausgegangen, dass viele MSIs größer sind.