Zunächst mal: Ein Index über ein Boolean-Feld ist sinnlos, denn die Chance beträgt 50:50 und damit kann man sich den Index sparen weil dann ein Full-Table-Scan schneller ist.
==> keinen Index über ein einzelnes Boolean-Feld anlegen
Dann: in dem 2.Fall ist kein Filesort mehr nötig, weil der Index die Daten schon in der Reihenfolge liefert, die nach ORDER-BY verwendet werden soll.
Je mehr Indexe umso schneller können potentiell Abfragen laufen und umso mehr Aufwand beim Speichern und desto höher der Resourcenverbrauch (
RAM, Diskspace).
Meine Empfehlung wäre je einen Index "threadID" und "time".
Evtl. könnte ein zusammengesetzter Index aus "threadID" und "time" sparsamer und schneller sein, aber das kommt auf die Abfragen an.