Es ist halt leider so, dass z.B. Chrome für den Nutzer (subjektiv) eine "installierte Anwendung" darstellt, für Google sind es aber scheinbar "Daten" (auch die exe,
dll, etc.). Das dürfte das prominenteste Beispiel sein; ich weiß nicht, ob es viele Programme gibt, die Ähnliches tun. Aber gerade bei einer SSD verlierst du dadurch den kompletten Geschwindigkeitsvorteil (weiß jetzt nicht, ob man Chrome benutzerdefiniert woanders installieren kann?).
Ich tendiere eher dazu, alles was automatisch erstellt wird als System zu sehen und für meine "echten Daten" Ordner auf der HD anzulegen und diese einer Bibliothek zuzuordnen bzw. eine neue zu erstellen.