Aus Erfahrungen der letzten Jahre kann ich den DataWizard (EDI, EAI, ETL und ESB) der Lobster GmbH empfehlen:
http://lobster.de/produkte/datawizard
* Java basiert
* kein Open Source
Aber es macht seinen Job gut (baumstrukturbasiertes Mapping, viele unterstützte Kommunikationsprotokolle und Dateiformate).