Irgendwie müsste das ganze ja dann in das Windows-Dateisystem eingebunden werden. Oder gibt es noch andere Möglichkeiten?
Eine fertige Möglichkeit ist mir nicht bekannt, aber selber basteln müsste möglich sein. Die saubere und vermutlich auch komplexere Lösung ist ein eigener File System Driver, wie ihn z.b. TrueCrypt verwendet, um verschlüsselte Container in Windows einzubinden.
Alternativ würde es auch über
API Hooks funktionieren. Da müsstest du alle Funktionen zum Enumerieren (FindFirst / FindNext, etc) und Modifizieren (CreateFile, ReadFile, WriteFile, etc) von Dateien hooken.