Hrm. Passiert das in regelmäßigen oder unregelmäßigen Abständen?
Läuft auf der Kiste nur die Datenbank oder noch andere Prozesse (z.B. Virenscanner oder Windows-Updates)?
Wie ist die Speicherauslastung der Kiste? Am Anschlag? Versucht die da vielleicht zu swappen und fängt sich dann wieder?
Ansonsten schau Dir die
DB mal mit entsprechenden Tools an, z.B. dem hier:
http://sourceforge.net/projects/mysqlmt/
Das sollte hoffentlich ein paar mehr taugliche Informationen über das System liefern.