Ins Programmverzeichnis kann man bei neuen
OS ( ab Win2000) nur als Admin. Ab Vista sorgt die
UAC ( bei deren Aktivierung) zusätzlich dafür, dass Programme nur mit Userrechten gestartet werden, auch wenn der Benutzer Adminrechte besitzt.
Ich würde mir an Deiner Stelle keine Gedanken machen, warum es bisher funktioniert hat, sondern das Programm so umbauen, dass Einstellungen in die dafür vorgesehen Verzeichnisse geschrieben werden.