Ich würde
HKCU bei der Deinstallation ebenfalls in Ruhe lassen (außer vielleicht den vom gerade angemeldeten Nutezr). Langsamer wird ein System dadurch nicht, denn von der Registry werden immer nur die benötigten Teile geladen - und wenn das Programm, das diese Zweige benötigt/lesen würde, nicht mehr vorhanden ist, werden diese Teile der Registry auch nicht geladen. Für Rechnerbremsen gibt's ganz andere Ursachen.
MfG Dalai