Der Patcher kann nur anhängen aber nicht überschreiben oder "mergen". Der enthält ja auch keinen
XML-Parser. Aber da der Source vorliegt kannst Du den ja für diesen Spezialfall selber anpassen. Das oberen keys müssen jedenfalls raus. Alternativ erstell die Datei manuell und trag sie im deployment manager ein (z.b. als My.plist) und deaktiviere das Original.
Du hast da aber irgendwie ein seltsames Problem, das gar nicht auftreten dürfte. Ich vermute eher Dir hat es Deine dproj zerschossen oder Du machst einen Bedienungsfehler.
Erstell doch mal eine gnaz leere, neue iOS-App und pack die aufs device. Guck Dir dann die plist und die dproj an und stelle die Unterscheide fest.