Es kommt darauf an, wie die Lösung aussieht. Geht es allgemeinum einen sicheren Zugriff (ggf. Schichtenarchitektur) oder nur darum eine vorhandenes Programm, welches bisher über eine unsichere Verbindung auf eine
MySQL-Server zugreift.
Für 2. hast du die Wahl zwischen VPN oder einefacheren Tunnellösungen wie stunnel o. ö.
https://www.stunnel.org/index.html
http://netz10.de/2011/01/10/ssh-tunnel/