1. Du machst ein Start/Stop-Init-Skript dafür und lässt es über die Runlevelverwaltung starten (
Link)
2. Du startest das Programm in Deiner Putty-Session mittels "nohup" und dem Parameter "&" und legst es damit in den Hintergrund.
Google mal nach "nohup"...
"nohup <aufruf dein programm> &"
Christoph