Was spricht dagegen, das Programm als deb und/oder rpm auszuliefern? In den meisten Fällen(99%) startet ein doppelklick auf die Datei das
GUI der Paketverwaltung und der User muss nur noch einmal auf Installieren klicken. Das ist wesentlich angenehmer als eine Windows installation. Ausserdem bleibst du so kompatiebel.