Einen kompletten Rebuild macht man besser mit msbuild in der Konsole.
Das geht in dem Fall nicht, bzw. ist noch umständlicher, weil über eine INC-Datei verschiedene Compilerdirektiven/Schalter/Bedingungen gesetzt/verändert werden müssen. Insofern ist die Projektgruppe eigentlich blos eine Hilfestellung, dass kein einzelnes Projekt beim Rebuild vergessen wird.