Weil wenn ich es über den Filemanger lösche, gehen ja die Hardlinks kaputt und die folgenden Backups sind inkonsistent. Richtig?
Wenn das richtige Unix-Hardlinks sind, dann sollte das mit dem Löschen klappen. Die sind quasi nur eine Referenz auf einen referenzgezählten Inode.
Ich würde trotzdem davon abraten: Wer weiß, was das Backup-Programm noch für zusätzliche Informationen speichert, die dann eventuell inkonstistent zum Stand auf der Platte sind.