Du musst früher ansetzen.
Aktuell machst Du vermutlich zwei Schritte: (1) Die Konsole als normales Fenster erzeugen (und für diesen kurzen Moment ist sie sichtbar) und (2) sie dann verstecken. Das erklärt das Flackern, das Du siehst.
Du kannst sie gleich versteckt oder minimiert erzeugen. Auf die Schnelle habe ich nur ein Beispiel für C# gefunden, aber im Kern geht es nur um die Parameter, die Du dem Aufruf von CreateProcess() mit auf den Weg gibst - das ist natürlich von der Programmiersprache unabhängig.
http://www.codeproject.com/Articles/...tions-silently
Daniel R. Wolf
mit Grüßen aus Hamburg