Was sind den die Indizien außer den genannten?
Was hast Du denn als Reparatur durchgeführt?
Ich kenne mich mit
mySQL nicht so gut aus. mysqlcheck oder myisamchk?
Am besten spielt man natürlich ein Backup ein, aber den Tipp willst Du wahrscheinlich grad nicht hören.
Ich würde erstmal klären, woran es überhaupt liegt. Also serverlogs und Datenbanklogs und filesystem prüfen. An so Stellen hilft Aktionismus nicht unbedingt weiter.
Es gibt auch professionellen Support für sowas. Kann man kaufen, die Leute sitzen dann mit dem HExeditor an der Festplatte und schieben bits und bytes hin und her. Dürfte aber nicht billig sein.