Du hast doch im Thread die IdFTP-Klasse. Prüfe im OnWork of Terminated wahr ist. Wenn dem so ist, solltest du den Download beenden.

Damit kannst du den Thread per ftpload.Terminate; beenden.

Wenn du etwas machen möchtest, wenn der Thread beendet wurde brauchst du nicht ständig Application.Processmessages aufrufen (womit du, nebenbei bemerkt, das "warten auf neue Nachrichten" ad absurdum führst, da es nichts anderes ist als Polling)
sondern es müsste ein TThread.Terminated Event geben, in welchem du so etwas machen kannst. Alternativ eine synchronized-Prozedur