Die Applikation müsste nur ein paar Entscheidungen treffen können und das Ergebnis sowie die Aufgaben an das Java Programm schicken können.
Können Geräte die in unterschiedlichen W-Lan Netzwerken sind überhaupt miteinander kommunizieren? Z.B. ein PC im Office-Wlan und ein Barcodescanner im Technik-Wlan? Ich denke das ist nicht möglich.
Wird das Java-Programm ein HTTP Server ohne sonstige Benutzeroberfläche? Mit einem einfachen Servlet-Container (Tomcat, Jetty) ist das leicht realisiert. Wenn es ausfallsicher sein soll, ist ein Message Broker empfehlenswerter (ActiveMQ oder RabbitMQ).
Auf dem Windows Mobile Device würde ich eine einfache HTTP Client Library verwenden. Mit dem C# Web Service Framework geht es zwar auch, aber dann muss auch serverseitig ein
SOAP Framework eingesetzt werden.
Diesen passenden Link habe ich bei einer Recherche heute entdeckt:
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa446517.aspx
Und ja, auch wenn es zwei verschiedene WLANs sind, solange diese nicht durch Firewalls / Gateway Einstellungen abgeschottet sind, können die Geräte miteinander sprechen.