Das ganze passiert nur, wenn Du im Explorer das Verzeichnis kopierst. Wenn Du das Projekt mit Speichern unter... in einem einen Pfad speicherst, musst Du auch alle Units nochmal mit Speichern unter bedienen. Daher empfehle ich Dir sich mit einem Versionskontrollsystem zu beschäftigen, wie zum Beispiel
Git. Damit hast Du ein Entwicklungsverzeichnis, kannst aber unterschiedliche Versionen von Deinem Programm erstellen, ganz ohne Kopiererei.