Leider schreibst Du nicht wo der Webserver steht, LAN oder WAN? Bei einem WAN Standort gehe davon aus das nichts sicher ist was dort gespeichert ist. Es wird nur sicher wenn es verschlüsselt ist.
Ein Packer wie 7z geht mit Verschlüsselung und lässt sich auch in Delphi aufrufen. Des weiteren kannst Du ein
FTP oder SFTP Protokoll benutzen um Dateien hoch oder runter zu laden.
Im
FTP Server, auf deinem Webserver, kannst Du dann Benutzer einrichten die auf bestimmte Dateien zugriff haben oder nicht. Die Rechte Regeln sind aber schon wieder ein Thema für sich.