Wenn du Zip nehmen kannst, würde ich Zip nehmen, da du z.B. keine exotischen Werkzeuge brauchst um mit Zip-Dateien zu arbeiten.
Ansonsten kannst du jedes beliebige
Archiveformat nehmen. Normalerweise rate ich bei so etwas immer, sich das jeweilige Unix-Tool anzuschauen, aber
tar ist eher schrecklich. Ein Vorteil hätte es aber: Wenn du erst archivierst und dann komprimierst, hast du vielleicht auch bei den kleinen Dateien mehr Erfolg.