Ich nutze auch PHP-Storm, davor habe ich Eclipse PDT genutzt.
Da das Lizenzmodell von PHP-Storm jetzt eher Miete ist als Kaufen, werde ich wenn es unbrauchbar/zu alt wird, wieder Eclipse nutzen.
Dateien hochladen mache ich via
SSH und
SVN, damit alles schön versioniert bleibt.
Bei einen Update mache ich dann nur noch einen "switch" auf die neue Version.
Was ganz angenehm ist, weil nur ein DIFF ausgeführt wird.
Der
SVN-Server steht in meinen Büro und wird via
SSH Tunnel an den Rootserver gegeben.
Von außen ist der
SVN-Server nicht erreichbar.