Bibliotheks-Units nehme ich auch nicht direkt in die Projekte auf, sondern binde die über die Suchpfade ein.
Das habe ich bis vor ca. einem Jahr auch so gemacht und mich manchmal über Seiteneffekte gewundert. Das Problem kann sein, wenn man so wie ich überwiegend an einem einzigen großen Projekt arbeitet, ein größeres Update vor hat, und in diesem Zug noch Änderungen an den gemeinsam benutzten Units vornehmen muss.
Während dieser Umbauarbeiten möchte/muss ich aber auch Zugriff auf die alten Version (sowohl Projekt als auch alle Units) haben (benutze keine Versionsverwaltung) und dann schraubt man ständig an den Suchpfaden rum, was ich persönlich als lästig und fehleranfällig empfunden habe. Seit ich generell alle Units über absolute Pfade in die .dpr einbinde (Delphi macht das ja automatisch wenn die Units auf einem anderen Laufwerk oder nicht in einem Subordner des Projektes liegen) hab ich diesen Stress nicht mehr.
Aber, wie schon gesagt, das macht jeder auf die Art und Weise wie er am besten damit klar kommt. Hat alles seine Vor- und Nachteile.